②按来源及特征，干细胞可分为胚胎干细胞、成体干细胞、iPS细胞：
胚胎干细胞（Embryonic Stem cells，CIK培养，ESC）：当受精卵分裂发育成囊胚时，内层细胞团的细胞即为胚胎干细胞。胚胎干细胞是一种高度未分化细胞。它具有发育的全能性，山西CIK，能分化出成体动物的所有组织和器官，包括生殖细胞。研究和利用胚胎干细胞是当前生物工程领域的核心问题之一。体外细胞的无限扩增性是ESC研究和应用的前提和关键，ESC可以提供无限的细胞来源。但是胚胎干细胞表达主要组织相容性抗体MHC，移植后可引起免疫排斥反应；向某一个方面定向诱导分化仍存在技术障碍；具有致瘤性，能形成畸胎瘤；它的获得需要破坏一个胚胎，存在伦理问题，所以目前规定只可用于研究，不可用于临床。
3.干细胞的可塑性
越来越多的证据表明，当成体干细胞被移植入受体中，CIK，它们表现出很强的可塑性。通常情况下，供体的干细胞在受体中分化为与其组织来源一致的细胞。而在某些情况下干细胞的分化并不遵循这种规律。1999 年 Goodell 等人分离出小鼠的肌肉干细胞，体外培养 5 天后，CIK委托培养，与少量的骨髓间质细胞一起移植入接受致死量辐射的小鼠中，结果发现肌肉干细胞会分化为各种血细胞系。这种现象被称为干细胞的横向分化(trans-differentiation )。关于横向分化的调控机制目前还不清楚。大多数观点认为干细胞的分化与微环境密切相关。可能的机制是，干细胞进入新的微环境后，对分化信号的反应受到周围正在进行分化的细胞的影响，从而对新的微环境中的调节信号做出反应。
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