空调机房最好靠近要求送风量大的无尘车间，医用敷料无菌车间，力求风管的线路最短。但从防止噪声和振动来说又要求把无尘车间与机房隔开。这两方面都予以考虑。隔开方式有：
1、构造分离方式。有以下几种：
（1）沉降缝隔开式。使沉降缝在无尘车间与机房之间通过，检测中心无菌实验室，起分割作用。
（2）夹壁墙隔开式。如果机房紧靠无尘车间，不是公用一面墙隔墙，而是各自有各自的隔墙，而两面隔墙之间留有一定宽度的夹缝。
那么，威海无菌车间，如何防止交叉污染呢?2002年实施的《无尘车间设计规范》明确指出，无尘车间“工艺平面布置应合理、紧凑。无尘车间或洁净区内只布置必要的工艺设备以及有空气洁净度要求的工序和工作室”。合理布局首先要理顺工艺流程，避免迂回往返。工作室的平面空间应合理，既有利于操作，又便于维修，不应预留闲置面积和空间。合理的空间与面积，也有利于合理的分区，防止混杂事故。
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