PCR实验室分为四个区域，进入各工作区域必须严格按照单一方向进行，不同的工作区域使用不同的工作服（例如不同的颜色）。工作人员离开各工作区域时，不得将工作服带出，四区域分别为：
1.试剂配制区n
2.样品处理区n
3.核酸扩增区n
4.产物分析区n
如使用全自动分析仪，区域可适当合并，三四区可合并为扩增产物分析。
各区的功能是：
试剂准备区：扩增试剂的配制、分装和保存。
样品处理区：样品登记、分装；核酸提取、保存和加样。
1.2 扩增前区与扩增后区应严格分开，须使用不同的房间，两区之间 有一定的间隔。
1.3 使用商品化试剂盒可在样品处理区进行少量试剂配制。
1.4 在满足下列操作和清洁处理要求的前提下样品处理区和试剂准备区可设在同一房间内：
每个实验人员、实验组分别使用各自的试剂及耗材。
盛放污染材料的器皿密封并一次性使用。
设计要求：
PCR实验室可以是分散形式，也可以是组合形式，现要主要是以组合形式为主流。完成一组PCR实验，通常应经过试剂配制、样品处理、核酸扩增及产物分析四个实验过程，若实验工艺需要，PCR实验室净化级别，还应增加样品粉碎过程。
一、分散形式PCR实验室
所谓分散形式PCR实验室，是指完成上述实验过程的实验用房彼此相距较远，PCR实验室净化等级，呈分散布置形式。对于这种布置形式的PCR实验室，由于各个实验之间不易相互干扰，因此无需特殊条件要求。
二、组合形式PCR实验室
所谓组合形式PCR实验室， 是指完成PCR四个实验过程的实验用房相邻布置，组成独立实验区域
控制污染的方法。已设计出很有力的酶学方法用来消除一种形式的污染—使用UNG，PCR实验室净化施工，这一技术能有效地消除由PCR产物引起的污染。另一种控制污染的方法是使用紫外线，这种方法不能完全消除污染问题，但可以将污染降低几个数量级。后PCR区PCR完成以后，神农架PCR实验室净化，需要分析样品并解释数据，应该留出一个专门用于反应后处理样品的地方。后PCR活动中使用的所用试剂、一次性耗材和仪器都必须是专门用于这一目的，决不能把实验室这一区域的试剂或仪器用于任何前PCR活动。
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