柠檬酸的发现始于8世纪伊朗炼金术士贾比尔。
1784年C.W.舍勒首先从柠檬汁中结晶分离出柠檬酸。他是通过在水果榨汁中加入石灰乳以形成柠檬酸钙沉淀的方法制取。
天然柠檬酸在自然界中分布很广，一水柠檬酸，在植物如柠檬、柑橘、菠萝等果实和动物的骨骼、肌肉、血液中都含有。起初产于美国加利福尼亚州、意大利和西印度群岛。意大利的产量居首位。
发酵法制取柠檬酸始于19世纪末。1893年韦默尔发现青霉菌可以以糖类为原料制造柠檬酸。然而，直到shou次世界大战阻碍了意大利的柠檬出口之前，在工业上利用微生物制造柠檬酸都没有被提上日程。
1913年B.扎霍斯基报道黑曲霉能生成柠檬酸。
我国用发酵法制取柠檬酸以1942年汤腾汉等报告为最早。1952年陈声等开始用黑曲霉浅盘发酵制取柠檬酸。轻工业部发酵工业科学研究所于1959年完成了200l规模深层发酵制柠檬酸试验，1965年进行了生产100t甜菜糖蜜原料浅盘发酵制取柠檬酸的中间试验，并于1968年投入生产。1966年后，天津市工业微生物研究所、上海市工业微生物研究所相继开展用黑曲霉进行薯干粉原料深层发酵柠檬酸的试验研究，马鞍山柠檬酸，并获得成功，食品级柠檬酸，从而确定了中国柠檬酸生产的这一主要工艺路线。薯干粉深层发酵柠檬酸，无水柠檬酸，原料丰富，工艺简单，不需添加营养盐，产率高，是中国独特的先进工艺。
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