PCR实验室分为四个区域，细胞实验室净化标准，进入各工作区域必须严格按照单一方向进行，不同的工作区域使用不同的工作服（例如不同的颜色）。工作人员离开各工作区域时，不得将工作服带出，四区域分别为：
1.试剂配制区n
2.样品处理区n
3.核酸扩增区n
4.产物分析区n
如使用全自动分析仪，区域可适当合并，三四区可合并为扩增产物分析。
各区的功能是：
试剂准备区：扩增试剂的配制、分装和保存。
样品处理区：样品登记、分装；核酸提取、保存和加样。
1.2 扩增前区与扩增后区应严格分开，须使用不同的房间，两区之间 有一定的间隔。
1.3 使用商品化试剂盒可在样品处理区进行少量试剂配制。
1.4 在满足下列操作和清洁处理要求的前提下样品处理区和试剂准备区可设在同一房间内：
每个实验人员、实验组分别使用各自的试剂及耗材。
盛放污染材料的器皿密封并一次性使用。
设计要求：
PCR实验室可以是分散形式，也可以是组合形式，实验室净化，现要主要是以组合形式为主流。完成一组PCR实验，通常应经过试剂配制、样品处理、核酸扩增及产物分析四个实验过程，若实验工艺需要，还应增加样品粉碎过程。
一、分散形式PCR实验室
所谓分散形式PCR实验室，是指完成上述实验过程的实验用房彼此相距较远，呈分散布置形式。对于这种布置形式的PCR实验室，由于各个实验之间不易相互干扰，因此无需特殊条件要求。
二、组合形式PCR实验室
所谓组合形式PCR实验室，无菌实验室净化， 是指完成PCR四个实验过程的实验用房相邻布置，组成独立实验区域
5、在前PCR区建立PCR混合物。
⑴可以把即刻可用的“主混合物”溶液配好、分装并保存在-20℃或4℃，莱芜实验室净化设备，在实验室只涉及到扩增一种或少数几种特异序列时这样做很有用。⑵如果你的实验室使用多套引物，以致于配制包括所有试剂的单一反应混合物不够经济，可以考虑分装保存够一天的PCR成分。⑶作为一个规则，应该保存一套阴性、弱阳性和强阳性对照样品来分析样品配制和PCR前过程的效率和洁净程度。而且，你也希望通过使用一个已知的弱阳性样品来验证你的样品缓冲液以证明里面不含扩增抑制物。
6、控制污染的方法。
已设计出很有力的酶学方法用来消除一种形式的污染—使用UNG，这一技术能有效地消除由PCR产物引起的污染。另一种控制污染的方法是使用紫外线，这种方法不能完全消除污染问题，但可以将污染降低几个数量级。
7、PCR实验室试剂的操作。
⑴所用的所有溶液都应该没有核酸和（或）核酸酶（DNase和RNase）污染。⑵所有PCR试剂中使用的水都应该是高质量的－新鲜蒸馏的去离子水，用0.22μm过滤的，并且是高压灭菌。⑶在20℃到25℃贮存的试剂建议加点像叠氮钠一类的抗微生物剂，在扩增试剂或样品制备试剂中加入0.025%的叠氮钠不抑制扩增反应。
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