一、科学合理的原则
传染性和致病性再强的病原微生物，只要它不和人体接触，感染就不会发生。
1．屏障原理 把病原体围场在一定空间范围内，使之避免暴露在开放的环境中，操作者间接对其操作(如手套、机械手等)，在围场内接触的空气和水体经过处理后排放。在实验室内使用的生物安全柜，实验室设施均属此类。
2．过滤原理 在围场(包括安全柜和实验室)内接触的空气均视为污染的有害物质，把实验室内空气经过HEPA滤器过滤后或其他净化后排放，PCR实验室净化施工，以保护环境。
3．消毒灭菌原理 实验室污染区和半污染区的一切物品，包括空气、水体和所有的表面(仪器)等均被视为污染有危害的。所以都要对其消毒处理，特别是对实验后的废液，器材和手套务必严格处理。废液废物在拿出实验室之前务必彻底灭菌。在实验完成后撤离实验室过程中每一步要用有效消毒把好关，以防有害因子的泄漏。
4．个人防护原理：由于屏障的作用不可能是百分之百可靠，万一操作中有所疏漏也是很危险的，所以要按要求做好个人防护。个人防护要适宜、科学。建议个人防护分三级。一级防护用于BSL-1和BSI．-2，二级防护用于BSI．-3，PCR实验室净化要求，三级防护用于BSL-4。
PCR实验室分为四个区域，进入各工作区域必须严格按照单一方向进行，五指山PCR实验室净化，不同的工作区域使用不同的工作服（例如不同的颜色）。工作人员离开各工作区域时，不得将工作服带出，四区域分别为：
1.试剂配制区n
2.样品处理区n
3.核酸扩增区n
4.产物分析区n
如使用全自动分析仪，区域可适当合并，三四区可合并为扩增产物分析。
各区的功能是：
试剂准备区：扩增试剂的配制、分装和保存。
样品处理区：样品登记、分装；核酸提取、保存和加样。
1.2 扩增前区与扩增后区应严格分开，须使用不同的房间，两区之间 有一定的间隔。
1.3 使用商品化试剂盒可在样品处理区进行少量试剂配制。
1.4 在满足下列操作和清洁处理要求的前提下样品处理区和试剂准备区可设在同一房间内：
每个实验人员、实验组分别使用各自的试剂及耗材。
盛放污染材料的器皿密封并一次性使用。
设计要求：
PCR实验室可以是分散形式，也可以是组合形式，现要主要是以组合形式为主流。完成一组PCR实验，通常应经过试剂配制、样品处理、核酸扩增及产物分析四个实验过程，若实验工艺需要，还应增加样品粉碎过程。
一、分散形式PCR实验室
所谓分散形式PCR实验室，是指完成上述实验过程的实验用房彼此相距较远，呈分散布置形式。对于这种布置形式的PCR实验室，由于各个实验之间不易相互干扰，因此无需特殊条件要求。
二、组合形式PCR实验室
所谓组合形式PCR实验室， 是指完成PCR四个实验过程的实验用房相邻布置，组成独立实验区域
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