PCR实验室净化并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域间检查感染的可能性，宜采用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。应注意的问题：
（1）几个区域的大小设置情况，应该是试剂准备区、产物扩增区、扩增分析区，要小一些。样品制备区应大一些，因为样品制备室要防止一个生物安全柜和一个低温冰箱。
（2）试剂准备区、样品制备区设立紧急洗眼器，以备不时之需。
（3）PCR实验室的洁净度可以根据用户的实际使用情况和资金的投入来设计。
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在净化工程的设计和实施中，有一些细节也需要下工夫做足文章，否则很可能“千里之堤，承德实验室装修，溃于蚁穴”，花费巨大财力和精力建成的工程会因为一个风管的不合适或者人员的走动而达不到预期效果：
1、电话和火警设备
在洁净厂房设置电话，对讲电话，可以减少人员在洁净区走动，减少发尘量，也可在万一发生火灾时及时与外部联系，实验室装修工程，也为正常工作联系创造条件。此外，还应设置火灾报警系统，防止火情不易被外部发现而造成重大经济损失。
2、多机冷水机组更灵活
冷水机组如果要求较大的制冷量，不宜选用单机，宜采用多机制，电机宜用变频调速，净化实验室装修，以降低起动功率。多机可以灵活使用，不至于出现“大马拉小车”的浪费能源现象。
3、空调机房宜在洁净室侧面
空调机房的位置，其位置宜在洁净室的侧面，这不但可以节能，也有利于风道的布置，并使气流组织更加合理，同时，可以节省工程费用。
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