在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，生物菌肥厂家，这样会直接杀掉生物菌，下面就由土秀才来详细讲一讲吧。 
适量施用 土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，江门菌肥，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的身体健康，恶化土壤质地，但最起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代'有机农业'的基本概念而研制出来的，菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，农业生物菌肥，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效，下面就由土秀才来讲一讲吧。
1.是“养分转换师”。生物菌在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。
2.是土壤的“清洁师”。生物菌在繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机農药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把它们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。
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