在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，生物菌肥生产厂家，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀掉生物菌，下面就由土秀才来详细讲一讲吧。 
适量施用 土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的身体健康，恶化土壤质地，但最起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，辽源生物菌肥，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代'有机农业'的基本概念而研制出来的，供应生物菌肥，是农业生产中使用肥料的一种，下面就由土秀才来讲一讲吧。
1、对磷肥的增效作用
磷肥施入土壤，可溶性磷很容易被土壤固定，在酸性土壤中，磷主要被游离的铁铝离子固定;在石灰性土壤中，磷主要被钙固定，结果使磷转化为迟效磷甚至无效磷，当季磷利用率只有10-20%。增施腐植酸类肥料后，能仰制土壤对水溶性磷的固定，减缓磷向迟效、无效态转化，浆解的硝基腐植酸增加磷在土壤中的移动距离，促使根系对磷的吸收。
2、对钾肥的增效作用
腐植酸含有官能团可以吸收储存钾离子，既可防止其在沙土及淋溶性土壤中随水流失，又可防止粘性土壤的钾的固定。腐植酸的某些部分为黄腐酸等低分子腐植酸，对含钾硅酸盐、钾长石等矿物有溶蚀作用，生物菌肥报价，可以使其缓慢分解，增加钾的释放量，提高钾的含量。
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