在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，山西生物菌肥，再打药除草。若拌种，生物菌肥价格，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀掉生物菌，下面就由土秀才来详细讲一讲吧。 
适量施用 土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的身体健康，生物菌肥哪里有卖的，恶化土壤质地，但最起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
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菌肥，亦称生物肥、生物肥料、細菌肥料或接种剂等。菌肥，形象说来就是'菌+肥'，因为菌肥一方面含有'有机质、氮、磷、钾'等作物生长所必需的营养成分，同时产品中还含有大量的有益微生物菌，有益微生物菌在土壤中繁殖，起到改良土壤、防制病害等功能。
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