试剂配制室及样品处理室宜呈微正压，以防外界含核酸气溶胶的空气进入，造成污染，可以通过控制进风风量大于排风风量达到正压效果。
核酸扩增室及产物分析室应呈微负压，呼和浩特PCR实验室净化，以防含核酸的气溶胶扩散出去污染试剂与样品，可以通过控制排风风量大于进风风量达到负压效果。在理想情况下，PCR实验室缓冲间内，可设置正压，使室内空气不流向室外，室外空气不流向室内。PCR实验室进风由原有中央空调控制，要求将中央空调风口安装到指定定点，PCR实验室净化施工，且高度为地面铺装好后2600mm处。
试剂准备区仪器设备主要有冰箱、超净台、加样器、混匀器、天平和离心机等，PCR实验室净化级别，加样器、天平除了要专用外，还应有定期校准。试剂分装应在超净台中进行扩增反应混合液应使用分子生物学级的，试剂制备好后应有质检：一是否有污染、二是检测试剂的扩增效果。
标本制备区仪器设备主要有生物安全柜、加样器、离心机、温育仪、混匀器等
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